祖先堂又名世勤堂，為紀念何東爵士與張蓮覺居士年幼早夭的兒子何世勤。

空間分佈上，祖先堂最初只有世勤堂，其他地方是課室及學生宿舍，後來改作崇恩堂、懷恩堂、感恩堂、頌恩堂及詠恩堂，並以「蓮邦」及「覺路」連接至東單及西單走道。從東單走道上方寫有「蓮邦」，意指西方淨土，是世界眾生皆以蓮花化生的方式誕生之別稱；西單走道上方寫有「覺路」，意指成佛的「無上覺路」。

祖先堂兩側牆上懸掛何氏家族的油畫人像，堂內掛有賴際熙太史撰作的《東蓮覺苑祖堂記》及一對楹聯。《東蓮覺苑祖堂記》概述何東爵士與張蓮覺居士的祖輩族系。賴際熙在楹聯提出佛法慈悲與儒家仁義、重孝互通，以及「五倫先重孝」等觀念，說明實踐佛法並不違背孝道。

祖先堂中央地磚巧妙拼成「寶相花」。「寶相花」是殊勝、祥瑞的象徵，為佛教藝術常用紋飾，盛行於隋唐時期，並廣泛應用於傳統的寺院建築、家具、木雕等。作為佛教藝術裝飾圖案，本苑的「寶相花」花瓣和花芯基部以排列規整的彩色方磚層層疊加，色彩鮮明，呈現葉茂花繁的華貴景象。

祖先堂的窗戶為「立轉窗」，在窗扇上下兩邊設垂直轉軸，開啟時窗扇繞轉軸垂直左右推拉木窗，橫跨本苑兩層。從外遠望，上半部分位於圖書館，下半部分位於世勤堂，合拼為一幅圓形圖案。