內庭為兩層高之建築空間，仿中式建築空間佈局。中庭由韋馱殿通往大雄寶殿之間，以樓梯相接，上方設天井，可引入自然光線與氣流，達致良好採光與通風效果。後期於天井上方加建玻璃天窗，使其成為室內空間，兼具功能與美感。

樓梯以水磨石為材質，並飾以中式雲紋圖案，增添美感。為便利通行，後期於階梯兩側增設木製扶手。

內庭四壁懸掛匾額，沿樓梯拾級而上，抬頭可見「大雄寶殿」正門上方之「大雄寶殿」牌匾，為何東爵士手書，具有歷史與文化價值。下方「最吉羊處」寓意進入大殿，可修持佛法、積福培德，所以說是最吉祥之處。

左右兩側外牆寫上六句《八大人覺經》法語，如「乘法身船」、「至涅槃岸」等，體現東蓮覺苑整體建築以般若船為設計特色的理念。

離開時，可見「韋馱殿」上方有「皆大歡喜」四字，寓意參訪者法喜充滿、心懷喜悅而歸。