内庭为两层高之建筑空间，仿中式建筑空间布局。中庭由韦驮殿通往大雄宝殿之间，以楼梯相接，上方设天井，可引入自然光线与气流，达致良好采光与通风效果。后期于天井上方加建玻璃天窗，使其成为室内空间，兼具功能与美感。

楼梯以水磨石为材质，并饰以中式云纹图案，增添美感。为便利通行，后期于阶梯两侧增设木制扶手。

内庭四壁悬挂匾额，沿楼梯拾级而上，抬头可见「大雄宝殿」正门上方之「大雄宝殿」牌匾，为何东爵士手书，具有历史与文化价值。下方「最吉羊处」寓意进入大殿，可修持佛法、积福培德，所以说是最吉祥之处。

左右两侧外墙写上六句《八大人觉经》法语，如「乘法身船」、「至涅槃岸」等，体现东莲觉苑整体建筑以般若船为设计特色的理念。

离开时，可见「韦驮殿」上方有「皆大欢喜」四字，寓意参访者法喜充满、心怀喜悦而归。