「大雄寶殿」是佛教寺院中供奉佛像的正殿。「大雄」為釋迦牟尼佛的尊號之一，意指佛陀具備無上的智慧與力量，能降伏四魔，故稱大雄。

在大雄寶殿禮佛及進行早、晚課，又稱「上殿」（粵音 典 din2） ，是寶覺義學舊生共同的珍貴回憶。連接禮堂與東蓮覺苑的拱形小橋，是學生們從校園走往東蓮覺苑參加晚課的必經之路。進入大雄寶殿前，師生必須穿上白鞋、雙手合十、保持肅靜，依序沿左右兩側排隊進入東單與西單。進殿後，隨著法師向三寶佛合掌問訊、誦經，由法師領唱、佛學班同學帶領，全體參與晚課，親近三寶，學習佛教儀軌與大乘經典的讀誦，接受佛法的薰陶。

大雄寶殿是整座寺院的核心，是僧眾課誦修持、信眾禮佛祈福的主要場所。大雄寶殿位於整座建築中軸線的第三層，是全寺最為寬廣、結構最為豐富，且層次分明的空間。置身於殿內，皆能感受到莊嚴肅穆、殊勝非凡的氛圍。

與傳統中式寺院橫向佈局不同，大雄寶殿因應地形狹長而採縱向設計，以高度添雄偉觀感，並透過迴廊增添可用空間。平面分為中廳與走道，末端設有形似西方教堂半圓壁龕的空間。整體採縱向空間軸線佈置：入口處設有一座七層藥師寶塔，其後供奉象徵超越時空的三世佛，佛龕背後則是供奉觀世音菩薩、文殊菩薩與普賢菩薩的觀音殿。

殿內佈局雖受西式建築影響，但內外裝飾仍以中式風格為主。大雄寶殿覆以歇山式屋頂配以黃色琉璃瓦，結構採西方鋼筋混凝土建造，內部空間與整幢建築等高，抬頭可見現代托臂樑的屋頂構造。設計上融合了飛檐、斗栱等傳統中式元素，並在用色與工藝上沿用中式傳統技法。

這些細節可見於走道欄杆、牆面與天花的灰塑，以及門框與門板的雕飾，並以枋、隔架、藻井等裝飾構件增添華麗感。在東蓮覺苑的側立面，可清楚看到大雄寶殿五開間的格局，以及屋脊上「二龍爭珠」的精美裝飾。「立轉窗」以交錯木條構成幾何圖案，設轉軸可左右推拉，不僅增添裝飾趣味，開啟時也不佔空間。

自2020年9月起，本苑展開第一期建築保育工程，重點集中於大雄寶殿外部與木窗的修復。以木窗為例，本苑保留狀況良好的原件，並以傳統工藝如入榫、𠝹坑、填塞麻根等——修補結構，既解決長期漏水的問題，又保留古樸雅致的原貌，充分體現「修舊如舊」的保育理念。歷經多年保育維修，大雄寶殿於2025年佛誕日重新開放。